Organizações cooperativas têm um sistema único de distribuição de direitos de propriedade e decisão que envolvem problemas de gerenciamento e custos de transação. Tal estrutura cria direitos de propriedade e transferências de risco que afetam diretamente a eficiência do gerenciamento autônomo destas organizações. Este documento analisa os custos e as fontes de ineficiência para explicar seus problemas de dois modos diferentes e complementares. Primeiramente discute os principais aspectos da governança que geram conflitos de agência; em segundo lugar analisa as características dos sistemas de gerenciamento que geram assimetria informativa e problemas de monitoração. Uma análise a respeito da distribuição de direitos de propriedade entre membros e da distribuição de direitos de decisão entre membros eleitos e executivos profissionais contratados indica que os direitos sobre resultados e o compartilhamento de risco nas relações contratuais da cooperativa conduzem a uma tipologia do tipo de governança, do modelo de gerenciamento e das características do sistema de informações gerenciais que possam reduzir os problemas da agência. A metodologia utilizada foi a discussão teórica e comparação dos modelos e sistemas gerenciais de cooperativas agrícolas e de crédito rural no Brasil. Um questionário foi aplicado em cinco cooperativas para comparar modelos e sistemas gerenciais. Nossas considerações finais mostram que a melhor organização do modelo de gerenciamento da cooperativa, assim como sistemas gerenciais, poderiam reduzir seus custos de agência.